Организации, применяющие УСН, не освобождаются от исполнения обязанностей налоговых агентов, в том числе по НДФЛ (п. 5 ст. 346.11 НК РФ, ст. 226 НК РФ).
Минфин России в письме от 23.09.2024 № 03-11-06/2/91209 разъяснил, что суммы НДФЛ, удерживаемые из доходов работников, не могут включаться при определении налоговой базы организацией, применяющей УСН, в качестве самостоятельного расхода на основании подп. 22 п. 1 ст. 346.16 НК РФ.
Налогоплательщики, применяющие УСН, вправе уменьшить полученные доходы на расходы на оплату труда в порядке, предусмотренном ст. 255 НК РФ, т. е. в начисленной сумме. Таким образом, суммы НДФЛ учитываются в составе начисленных сумм оплаты труда.
В соответствии с подп. 1 п. 2 ст. 346.17 НК РФ расходы на оплату труда учитываются в момент погашения задолженности путем списания денежных средств с расчетного счета налогоплательщика, выплаты из кассы, а при ином способе погашения задолженности — в момент такого погашения.